巧克力囊肿取卵时是不建议一起消除的，本身患有巧克力囊肿的情况下，是不适合取卵，会造成卵巢刺激和伤害，但是也并不是绝对性。如果取卵同时消除巧囊，有可能会污染卵子，造成腹膜刺激，所以医生在取卵时会注意避开巧囊，所以不会取卵又同时治疗巧囊。另外，胚胎移植时要根据囊肿性质来决定是否移植。

巧克力囊肿不适合取卵

首先，巧克力囊肿一般情况下是不适合取卵的，本来巧克力囊肿是一种恶性肿瘤，会导致血小板减少，严重引起子宫肌瘤、子宫出血等症状。

其次，巧克力囊肿不仅会破坏卵巢的血管分布，还会降低卵巢的反应和卵巢储备。

最后，虽然有巧囊做试管促排卵后是可以取出优势卵子的，不过在做试管促排卵之前，是建议先进行治疗再取卵。