第三代试管筛查不合格和多种因素有关，其一可能是精子卵子本身就存在染色体异常情况，其二污染导致导致胚胎在进行减数分裂的过程中出现错误，其三医生授精过程中对胚胎造成的伤害，所以最终可能会造成囊胚都不合格的情况。要注意，不合格的囊胚是不能进行移植的，需要重新促排取卵，如果强行移植会造成很大的风险。