第一种可能是，巧克力囊肿的诊断还不明确。巧克力囊肿诊断的“金标准”是通过腹腔镜手术，看到囊肿内含有巧克力样的液体，并在手术剥离囊肿后进行病理诊断，如此才能１００确诊。一般的Ｂ超诊断，只能做一个大概的评估。因此可能存在把一些生理性囊肿（生理性囊肿会随着月经周期而发生不同的变化，一般３－６个月会自行消退或缩小，达到自愈）误当成巧克力囊肿的情况。

第二种可能是，患者的巧克力囊肿本身很小（１－２ｃｍ），在无意当中进行了一些治疗，比如口服避孕药。口服避孕药中含有高效孕激素，可抑制异位内膜的生长，因此，小的巧克力囊肿就可能萎缩掉。

第三种可能是，当囊腔内积血过多、压力过高（尤其月经前期或刚来月经时）、性生活等原因，可能导致囊肿破裂。有的患者问了，破裂不是会引起腹痛吗？通常情况是这样的，但如果裂口比较小，从裂口中流出的囊内液的量还不足以引发急腹症，此时，患者可能感觉不到腹痛，但漏出液会使周围组织发生粘连。液体流出后囊肿暂时萎缩，随后裂口自行愈合，造成了“自愈”的假象。但这并不意味着囊肿就此消失，它还会随着每次月经继续生长。反复的破裂、出血和粘连，会给日后的手术治疗带来很多困难，最终，甚至可能导致卵巢需要切除。