二代试管是无法排除基因缺陷的，因为它并不包括染色体检查，不过可以在二代试管的基础上增加遗传学筛查技术。但是二代试管它本身针对于精子相对较弱、较少的情况，同时它有属于单精子注入，因此出现基因缺陷的概率也是有的。
二代试管技术本身并不直接导致基因问题，也无法排除基因缺陷，因为二代试管主要解决的是男性精子质量问题导致的受精困难，而不是改变或引入新的基因。
同样，二代试管并不包括染色体检查。但是，在二代试管的基础上，可以结合胚胎植入前遗传学诊断/筛查技术对胚胎的染色体进行检查。这样可以在胚胎植入前确保移植的胚胎健康无异常。
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